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2 HDR, 1 PhD, 31 Masters: Un Mois Riche en Soutenances Académiques | A Month Rich in Academic Defenses

L’Institut Halieutique et des Sciences Marines de l’Université de Toliara : Un Mois Riche en Soutenances Académiques

English below

Au cours des mois de septembre et d’octobre, l’Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM) de l’Université de Toliara a été le théâtre de nombreuses soutenances académiques, soulignant ainsi le dynamisme et l’excellence de ses chercheurs et étudiants.

Les faits saillants de cette période comprennent la soutenance d’Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) de deux de ses jeunes étoiles montantes. Après une décennie consacrée à l’activité académique, Dr HDR Jamal Mahafina et Dr HDR Gildas Todinanahary ont brillamment présenté leurs thèses respectives le 25 septembre 2023.

Dr HDR Mahafina a plongé dans la richesse de la biodiversité ichtyologique, en se concentrant particulièrement sur la dynamique d’exploitation des poissons récifaux dans le sud-ouest de Madagascar. D’un autre côté, Dr HDR Todinanahary a offert une perspective perspicace sur la recherche, l’éducation et la conservation des récifs coralliens, en mettant en lumière des solutions compensatoires face aux pressions anthropiques et aux conséquences du changement climatique.

Dans le sillage de ces réalisations notables, nous avons également assisté à la soutenance du Dr Botosoamananto, qui, après des années de recherche minutieuse, a présenté sa thèse de doctorat sur la « STRUCTURE ET REGULATION DES ASSEMBLAGES DE CORAUX SCLERACTINIAIRES DANS LA REGION DE TOLIARA, SUD-OUEST DE MADAGASCAR ».

Cerise sur le gâteau, l’IH.SM a célébré l’achèvement du parcours académique de 31 étudiants en Sciences Marines et Halieutiques. Ces étudiants, après 5 à 6 ans d’un voyage éducatif enrichissant, ont soutenu avec succès leurs mémoires, scellant ainsi leur maîtrise dans le domaine. Consulter les sujets d’études ICI.

Ces succès académiques témoignent du dévouement, de la passion et de l’excellence qui caractérisent l’IH.SM. Ils rappellent également l’importance de la recherche et de l’éducation dans la préservation et la compréhension de nos précieux écosystèmes marins.

Soutenances de HDR | HDR defenses (Jamal Mahafina, Gildas Todinanahary) & soutenance de Doctorat | PhD defense (Radonirina Botosoamananto)

The Fishery and Marine Science Institute of Toliara University: A Month Rich in Academic Defenses

During the months of September and October, the Fishery and Marine Science Institute (IH.SM) of the University of Toliara was abuzz with numerous academic defenses, underscoring the dynamism and excellence of its researchers and students.

Highlights of this period include the Defense of the Accreditation to Direct Research (HDR) by two of its rising young professors. After a decade dedicated to academic activity, Dr. HDR Jamal Mahafina and Dr. HDR Gildas Todinanahary brilliantly presented their respective theses on September 25th, 2023.

Dr. HDR Mahafina delved into the richness of ichthyological biodiversity, focusing especially on the exploitation dynamics of reef fish in southwestern Madagascar. On the other hand, Dr. HDR Todinanahary offered an insightful perspective on research, education, and conservation of coral reefs, shedding light on compensatory solutions against anthropogenic pressures and the implications of climate change.

Following these notable accomplishments, we also witnessed the defense by Dr. Botosoamananto, who, after years of meticulous research, presented his doctoral thesis on the « STRUCTURE AND REGULATION OF SCLERACTINIAN CORAL ASSEMBLAGES IN THE TOLIARA REGION, SOUTHWEST MADAGASCAR. »

Adding to the accolades, the IH.SM celebrated the graduation of 31 Master students in Fishery and Marine Sciences. These students, after 5 to 6 years of an enriching educational journey, successfully defended their dissertation, thus sealing their mastery in the field. View study topics HERE.

These academic successes bear testament to the dedication, passion, and excellence characterizing the IH.SM. They also underscore the significance of research and education in preserving and understanding our precious marine ecosystems.

Proclamation des résultats des étudiants en Master 2 | Graduation of MSc students

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CALL FOR APPLICATION: research assistants for the data collection

Baseline and follow-up survey in the Bay of Ranobe – TOLIARA


In the frame of the ARMS Restore project, Rebuilding coral reefs in Madagascar using a new tool to restore biodiversity, build fisheries, and improve human health, we will be evaluating the livelihood and human nutritional impacts of changes in local marine systems. Our team will use a mixed-methods approach to collect a variety of information spanning social, environmental, and clinical health data. We will survey a random sample of households in the village of Ambotsibotsiky, Songeritelo, Beravy, Ambalaboy, Ifaty, Mangily, Amboaboaky, Madiorano, Betsibaroky, Ambolimailaky, Andrevo andFitsitikyintheBayofRanobe,andconnectthesedatawithfisheriescatch data to link fisheries condition to human health and well-being. For this survey our team is hiring research assistants for the data collection in these villages.

Main task

During 3 years, the research assistants will run surveys in the 12 villages in the Bay of Ranobe every 3 months using pre-established questionnaires. He/She will spend roughly one month in the field every three months. This field work consists of meeting with individuals in the sampled households, and asking them the questions prepared in a tablet.

Minimum qualification

  • Bachelor Degree required
  • Public speaking skills
  • Ability to handle computers and tablets (using applications, MS Office)
  • Ability to work in groups
  • Ability to adapt in the field
  • Basic knowledge in the use of KoBo application is an asset
  • Preference for prior survey implementation experience

Send your application letter and CV at, and before November 24th, 2022. We can also provide you more information by contacting this email address.

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New publication: A contemporary baseline of Madagascar’s coral assemblages

New article published

Mahery Randrianarivo, François Guilhaumon, Johanès Tsilavonarivo, Andriamanjato Razakandrainy, Jacques Philippe, Radonirina Lebely Botosoamananto, Lucie Penin, Gildas Todinanahary, Mehdi Adjeroud (2022) A contemporary baseline of Madagascar’s coral assemblages: Reefs with high coral diversity, abundance, and function associated with marine protected areas. PLoS ONE 17(10): e0275017.

Published: October 20, 2022

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During many years of studying coral reefs, none have rigorously analyzed Madagascar’s coral assemblages at multiple spatial scales, and the effects of marine protected areas or other drivers like geographic location, abiotic/biotic factors on these latter are poorly known.

In this study, we focused our efforts at 18 sampling stations equally distributed over 3 regions around Madagascar where reefs are the most developed (Masoala in NE, Nosy-Be in NW and Salary Nord in SW). Half of stations in each region are established in unfished area and the other half in fished ones.

We found a marked spatial variability of these assemblages, with variation at either or both regional and local scales for all coral descriptors. The northeast coastal region of Masoala was characterized by the high abundance of coral colonies, most notably of the competitive Acropora and Pocillopora genera and stress-tolerant taxa at several stations. The southwest station of Salary Nord was distinguished by lower abundances, with depauperate populations of competitive taxa. On the northwest coast, Nosy-Be was characterized by higher diversity and abundance as well as by high coral cover (~42–70%) recorded at unfished stations. Marine reserves in MPAs had a positive effect on almost all coral descriptors, with a more pronounced effect in Nosy-Be. Apart, we found that herbivorous fish biomass, crustose coralline algae cover and substrate rugosity also have this positive effect, unlike for macro and turf algae cover.

With our findings, we support the fact that MPAs was a useful coral reef management tool. With more details in this paper, readers could see that reefs in Masoala are initially resilient, those in Nosy-Be are among the priorities of conservation and those at Salary Nord were highly disturbed.

Location of the 18 sampling stations in the three regions around Madagascar. Masoala (A) is located in the northeast coast, Nosy-Be (B) in the northwest, and Salary Nord (C) in the southwest. See Materials and Methods section for station codes.


L’IH.SM rejoint le consortium Régional MarCOSIO | IH.SM joins the MarCOSIO regional consortium

English Below

L’IH.SM rejoint le consortium MarCOSIO et forge ainsi de nouveaux partenariats dans la région Sud de l’Afrique et dans l’Océan Indien

L’atelier de démarrage du projet MarCOSIO (Marine and Coastal Services in the Indian Ocean) a eu lieu à Pretoria (Afrique du Sud) du 26 au 29 Septembre 2022.

C’est un projet financé par l’Union Africaine, incluant plusieurs organisations de la région Sud de l’Afrique et de l’Océan Indien tels :

  • Council of Scientific and Industrial Research – CSIR (Afrique du Sud),
  • ABALOBI (Afrique du Sud),
  • Benguela Current Convention – BCC (Namibia, Angola),
  • Coastal Oceans Research Indian Ocean East Africa – CORDIO (Kenya),
  • Institute of Marine Sciences, University of Dar es Salaam – IMS (Tanzania),
  • Kenya Marine Fisheries Institute – KMFRI (Kenya) ,
  • Mauritius Oceanography Institute – MOI (Maurice),
  • National Sea Rescue Institute – NSRI (South Africa),
  • Tanzania Fisheries and Research Institute – TAFIRI (Tanzania),
  • University of Eduardo Mondlane (Mozambique),
  • Western Indian Ocean Marine Science Association – WIOMSA (Tanzania),
  • Institut Halieutique et des Sciences Marines – IH.SM (Madagascar)

MARCOSIO mettra à la disposition des utilisateurs différents services tels:

  • Soutien à la pêcherie: Fournit aux pêcheurs de différents secteurs et aux décideurs les outils permettant d’optimiser l’effort de pêche, d’améliorer la sécurité en mer, de mieux comprendre la variabilité de l’environnement et de surveiller la pêche illégale, non déclarée et non réglementée (INN) et l’effort de pêche. Une attention particulière sera accordée au soutien des communautés de pêcheurs à petite échelle par le biais du partenariat ABALOBI.
  • Soutien à l’aquaculture: Les décideurs auront la possibilité d’être avertis des occurrences de marées rouges.
  • Ecosystème côtiers: Fournit aux décideurs, aux gestionnaires et aux ministères de l’environnement et de la pêche une cartographie précise des écosystèmes côtiers ainsi que le suivi de leurs changements, qu’ils soient saisonniers ou anthropiques.
  • Suivi de blanchissement de coraux: Le service permettra d’évaluer les alertes de blanchiment historiques et en temps réel, et offrira la possibilité d’évaluer d’autres éventuels sources de stress pour les coraux.
  • Le suivi des bateaux de pêche : Les décideurs auront la possibilité de surveiller les navires coopératifs opérant dans leur ZEE et d’obtenir des informations stratégiques sur les navires non coopératifs..
  • La sécurité en mer: Les organisations de recherche et de sauvetage en mer peuvent utiliser ce service pour aider à la planification des opérations de recherche et de sauvetage en mer.

Ces services sont pleinement opérationnels dans les autres régions du Sud de l’Afrique et dans l’Océan Indien. Durant la mise en œuvre du projet, l’Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM), à travers le Centre National des Données Océanographiques (CNDO) veillera à ce que Madagascar puisse également bénéficier de ces services et technologies.

Par ailleurs, l’IH.SM dirigera aussi le groupe de travail concernant le renforcement de capacité sur l’utilisation des outils géospatiaux pour les observations marines et côtières.


IH.SM joins the MarCOSIO consortium and establishes new partnerships in the Southern African region and in the Indian Ocean.

The launch workshop of the MarCOSIO project (Marine and Coastal Services in the Southern Africa and in the Indian Ocean) took place in Pretoria (South Africa) from 26 to 29 September 2022.

This is a project funded by the African Union, including several organizations in the Southern Africa and Indian Ocean region such as:

  • Council of Scientific and Industrial Research – CSIR (South Africa),
  • ABALOBI (South Africa),
  • Benguela Current Convention – BCC (Namibia, Angola),
  • Coastal Oceans Research Indian Ocean East Africa – CORDIO (Kenya),
  • Institute of Marine Sciences, University of Dar es Salaam – IMS (Tanzania),
  • Kenya Marine Fisheries Institute – KMFRI (Kenya),
  • Mauritius Oceanography Institute  – MOI (Mauritius),
  • National Sea Rescue Institute – NSRI (South Africa),
  • Tanzania Fisheries and Research Institute – TAFIRI (Tanzania),
  • Eduardo Mondlane University (Mozambique),
  • Western Indian Ocean Marine Science Association – WIOMSA (Tanzania),
  • Institut Halieutique et des Sciences Marines – IH.SM (Madagascar)

MarCOSIO will provide users with different services such as

– Fisheries support: Provides fishermen from different sectors and decision makers with tools to optimize fishing effort, improve safety at sea, better understand environmental variability, and monitor illegal, unreported and unregulated (IUU) fishing and fishing effort. Special attention will be given to supporting small-scale fishing communities through the ABALOBI partnership.

– Support for aquaculture: Decision makers will have the opportunity to be informed of red tide events.

– Coastal Ecosystems: Provides policy makers, managers, and environment and fisheries ministries with accurate mapping of coastal ecosystems and monitoring of their changes, both seasonal and anthropogenic.

– Coral Bleaching Monitoring: The service will assess historical and real-time bleaching alerts and provide the ability to assess other potential sources of stress to corals.

– Fishing Vessel Tracking: Decision makers will be able to track cooperative vessels operating in their EEZ and obtain strategic information on non-cooperative vessels.

– Safety at Sea: Search and rescue organizations at sea can use this service to assist in planning search and rescue operations at sea.

These services are fully operational in other parts of Southern Africa and the Indian Ocean. During the implementation of the project, the Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM), through the MD-NODC (Madagascar-National Oceanographic Data Center), will ensure that Madagascar can also benefit from these services and technologies.

In addition, IH.SM will lead the working group on capacity building in the region on the use of Earth observation tools for marine and coastal environments.

This week, let’s talk about Lovasoa’s work

Version française, ci-dessous

The PhD students of TeAM Laboratory, Olivier MAKA, Lovasoa RAHARINAIVO and Mihary RABEARISON, are currently starting their third year of thesis.

But, how are their research work progressing ?

This week, let’s talk about Lovasoa’s work.

Within her research on the evaluation of plastic waste in the marine environment and the study of the quality of biosourced plastics from seaweed, RAHARINAIVO Lovasoa Rina has mainly done her field work and one part of her laboratory work during her second year of thesis (July 2021-July 2022). Her first year was a bit difficult because of the Covid19 pandemic and focused on defining and refining her research questions, on training at the University of Mons (UMons) and writing of research protocols. She mentioned those information during her presentation at the project restitution workshop held on 02/09/2022 at the Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM) -Toliara, Madagascar.

Lovasoa started her third year at UMons to carry out the second part of her laboratory work which requires more sophisticated equipment for observation and analysis of the micro-plastics. At the same time, she is beginning the analysis of the collected data from Madagascar and is presenting her project through communications of her results at international scientific conferences.

In this regard, she attended the 11th edition of Researchers’ Tuesday to present a poster on « Vertical distribution of microplastics in sea off Sarodrano, southwestern Madagascar ». It was an internal event organized by UMons on 26/09/2022 to allow PhD students to present their projects. On 22-23/09/2022, she presented at the Benelux Congress of Zoology a poster on « Differentiation of petrosourced plastic microfilaments from organic microfilaments by EDAX in environmental samples ». From that, she had seen the various research done in many universities such as UMons, University of Liege (ULiege), Free University of Brussels (ULB), and attended a workshop on « Pitching your research with impact » organized by the Floor is Yours.

In October 2022, she will attend the 12th Scientific Symposium of the West Indian Ocean Marine Science Association (WIOMSA) which will be held in Port Elizabeth, South Africa. During this event, she will give a poster presentation of her results. Attending these conferences, especially presenting one’s project, is important for a PhD training and allows the PhD student to improve his/her work by considering the criticisms and/or suggestions resulting from the exchanges made during these events.


Les doctorants du Laboratoire TeAM, Olivier MAKA, Lovasoa RAHARINAIVO et Mihary RABEARISON, débutent leur troisième année de thèse actuellement.

Mais, comment avancent leurs travaux de recherche ?

Cette semaine, Mlle Lovasoa nous partage ses activités.

Dans le cadre de sa recherche sur l’évaluation des déchets plastiques en milieu marin et étude de la qualité des plastiques algosourcés, RAHARINAIVO Lovasoa Rina a surtout effectué son travail de terrain et une partie de son travail de laboratoire durant sa deuxième année de thèse (juillet 2021-juillet 2022). Sa première année a été un peu difficile à cause de la pandémie Covid19 et marqué par la rédaction de son projet de recherche, de son séjour de formation à l’Université de Mons (UMons) et de la rédaction des protocoles de recherche. Elle a bien mentionné cela lors de sa présentation lors de l’atelier de restitution du projet réalisé le 02/09/2022 à l’Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM) -Toliara, Madagascar.

Pour ce début de troisième année, la doctorante est repartie à l’UMons pour effectuer la deuxième partie de son travail de laboratoire qui exige du matériel plus sophistiqué en matière d’observation et d’analyse. En même temps, elle commence l’analyse des données collectées à Madagascar et à faire savoir son projet à travers des communications de ses résultats lors des conférences scientifiques internationales.

A ce propos, elle a assistéà la 11ème édition du mardi des chercheurs pour présenter un poster sur « Vertical distribution of microplastics in sea off Sarodrano, southwestern Madagascar ». C’est un évènement interne organisé par l’UMons le 26/09/2022 pour permettre au doctorant de faire savoir leurs projets. Le 22 au 23/09/2022, elle était présente au Benelux Congress of Zoology et a présenté un poster sur la « Differentiation of petrosourced plastic microfilaments from organic microfilaments by edax in environmental samples ». Ceci l’a permis de voir les diverses recherches faites dans beaucoup d’universités telles que l’UMons, l’université de Liege (ULiege), l’université libre de Bruxelles (ULB), et d’assister à un atelier sur la présentation de recherche « Pitching your research with impact » organisé par the Floor is Yours.

Prochainement, en octobre 2022, elle partira en Afrique du Sud pour assister au 12ème symposium scientifique de l’association des sciences marines du Sud-Ouest de l’Océan Indien (WIOMSA) lors de laquelle elle effectuera aussi une présentation de ses résultats sur poster. A savoir qu’assister à ces conférences, surtout présenter son projet, est important pour la formation doctorale et permet au doctorant d’améliorer son travail en prenant comptes des critiques et/ou suggestions issus des échanges faits durant ces évènements.


José Randrianandrasana, PhD student, on reef ecology and restoration

Reef ecology is my focus and I am working towards a PhD as part of the ARMS Restore Project to restore the coral reef biodiversity in my country.

Similar to an underwater rainforest, coral reefs support 25% of all marine life in the world and over 500 million people worldwide for food and coastal protection. Healthy coral reefs support commercial and subsistence fisheries as well as jobs and businesses through tourism and recreation. Unfortunately, due to climate change and human activities, coral reefs around the world are threatened and coastal populations are becoming more vulnerable.

The Bay of Ranobe in southwest of Madagascar, where around 5000 fishermen are wholly depending on the marine environment for food, are becoming threatened by malnutrition due to declining fish catches, declining agriculture, and an increasing coastal population.

To address these issues, a new tool is being advanced by the Project Team: Autonomous Reef Monitoring Structures (ARMS) attached on the bottom to collect representatives of reef biodiversity. Deployed on healthy natural coral reefs, ARMS accumulated marine organisms that will be moved to artificial reefs after one year to jumpstart reef growth. Pivoting from the traditional PVC and stainless-steel design, we  redesigned the ARMS using limestone because it is a natural substrate, is locally sourced, and the structures can be made locally through collaboration and employment of members of the community.

The effectiveness of limestone ARMS for collecting local reef biodiversity will be tested and quantified over the three years of the project, a large part of my PhD research. Six artificial reefs will be built inside the Bay of Ranobe and their biological impact will be measured and compared against natural coral reefs nearby. More specifically, the performance and benefits of seeding ARMS from healthy natural coral reefs onto three artificial reefs site will be compared to three artificial reefs without ARMS and three natural coral reef sites (without ARMS or an artificial reef).

Last year, 120 “seeding ARMS” were deployed on the most heathy reef in the Bay, where they will be left undisturbed for 12 months. Meanwhile, my team and I are conducting monthly surveys to study benthic succession on the ARMS plate in situ to describe the colonization and succession of benthic organisms on ARMS relative to the surrounding natural reef.

In January 2023, we plan to begin building the six artificial reefs inside the Bay of Ranobe. Ecological selection criteria have been developed by our team to help local communities identify locations that will yield the most benefit (e.g., fish biomass), based on my fieldwork and data collection to explore potential artificial reef sites in June 2022. Up next are community conversations to discuss the data and decide where to build the six 1-hectare artificial reefs.


OFFRE DE STAGE : Caractérisation des assemblages de poissons à l’aide de suivis vidéo

Caractérisation des assemblages de poissons à l’aide de suivis vidéo dans la baie de Ranobe

Date de début de stage : Octobre 2022

Date limite de dépôt de dossier : 28 Septembre 2022

Responsable de stage : Thomas LAMY, IRD Montpellier,


Co-responsables du stage :


Laurent, VIOGLIOLA, IRD (Nouvelle Calédonie)


Description et objectifs scientifiques du projet

Le déclin des récifs coralliens à l’échelle mondiale menace les populations humaines qui dépendent de ces écosystèmes comme source de revenus ou pour se nourrir. Face à cette situation, le projet ARMS Restore propose d’utiliser un nouvel outil dans la baie de Ranobe, des récifs artificiels ensemencés par des structures appelés ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures) afin de restaurateur la biodiversité et ainsi améliorer les rendements des petites pêcheries et la santé humaine des populations locales. Ces ARMS ont été déposés sous l’eau afin d’agréger passivement la biodiversité de récifs seins de la baie de Ranobe. Une fois l’accumulation de cette diversité, les ARMS seront transférés sur des récifs artificiels. L’objectif global est de suivre les assemblages de poissons avant et après installation des récifs artificiels et des ARMS afin d’évaluer leurs effets sur la biodiversité. Dans ce contexte, les objectifs de ce stage seront d’implémenter un suivi des poissons à l’aide de caméras vidéo GoPro en complément d’autres types de suivis (visuels et ADN environnemental) afin d’obtenir un état de référence avant la mise en place des récifs artificiels. Un total de 6 futur récifs artificiels, des zones contrôle et des habitats adjacents seront suivis (N > 30 sites). Les données vidéos seront étudiées au laboratoire (identification des espèces, annotation des vidéos, gestion des données) puis analysées afin d’évaluer les facteurs contrôlants la structuration spatiale des assemblages de poissons. Suivant la qualité du travail effectué, le stage pourra être prolongé afin de répéter le suivi après la mise en place des récifs artificiels et des ARMS afin d’en étudier l’effet sur la biodiversité des poissons.

Le stage comprendra les activités suivantes :

  • Préparation du système de suivi vidéo sous-marin à l’aide de caméra GoPro en surface et sous l’eau ;
  • Gestion, annotation et analyse des vidéos en laboratoire ;
  • Identification des espèces de poissons ;
  • Gestion des données et analyses statistiques

Compétences et qualités requises :

  • Intérêt pour l’écologie marine,
  • Très bonne aptitude à plonger : de niveau « PADI Open Water » au moins
  • Très bon sens de l’organisation afin de gérer les suivis vidéos en parallèle des suivis visuels
  • Très bonne connaissance des espèces de poissons dans le Sud-Ouest de Madagascar
  • Sens de l’organisation, curiosité, rigueur et autonomie,
  • Connaissance de l’anglais scientifique (lu et écrit),
  • Une expérience dans l’organisation et l’analyse de données et l’utilisation du logiciel R serait un réel plus.

La sélection de l’étudiant-e se fera après : 1) examen d’un CV et d’une lettre de motivation qui devront être envoyés à Thomas Lamy, copie à Gildas Todinanahary, avant le 28 Septembre 2022 et 2) un entretient oral

Télécharger la version PDF ici


Atelier de formation à la Science Ouverte – Nosy Be

Dans le cadre du LMI Mikaroka (IH.SM, CNRO, UMR ENTROPIE, UMR MARBEC), en collaboration avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESUPRES), le Centre National de Recherche Océanographique (CNRO) de Nosy Be, l’Institut Halieutique-Sciences Marines (IH.SM) et le service Renforcement des Capacités (SRC-DMOB) de l’IRD organisent une formation dédiée à la science ouverte et à la gestion des données appliquées aux sciences marines le 22 au 26 aout à Nosy Be – Madagascar

Cet atelier est l’un des éléments de l’importante composante de renforcement de capacités du programme du LMI.

Durant cette semaine, plus de 20 participant·es abordent sous forme de conférences, débats échanges de bonnes pratiques et nombreux travaux pratiques les principes généraux et les grandes étapes de la science ouverte. Ils peuvent aussi définir les fondamentaux concernant les données de recherche ainsi que les cadres juridiques et éthiques, à la fois internationaux et malgaches.

A l’issue de la formation, les participant·es seront capables de collecter et référencer leurs données, et seront sensibilisé·es aux enjeux de la science ouverte. Ainsi, les données issues des sciences marines à Madagascar seront de plus en plus partagées, protégées et valorisées.

Des discussions riches et variées vont compléter ces présentations, animées et présentées par de nombreux·ses intervenant·es :

  • Mme Sylvie Fiat, porteuse du PSF pour l’IRD et ingénieur UMR ENTROPIE
  • Mme Lolona Ramamonjisoa, responsable du protocole de Nagoya à Madagascar
  • Mme Anne-Sophie Archambeau, directrice du GBIF France
  • Mme Sophie Pamerlon, chargée de l’appui technique à la publication des données au GBIF
  • Mme Hanka Hensens, documentaliste à l’IRD
  • M. Jamal Mahafina, enseignant-chercheur à l’IH.SM
  • M. Herinomena Andriamasinoro, ingénieur données à l’IH-SM
  • M. Aïna Le Don, responsable du Centre National de Données Océanographiques et chercheur à l’IH-SM
  • M. Julien Barde, ingénieur de recherche à l’IRD, UMR MARBEC
  • M. Henitsoa Jaonalison, chercheur à l’IH-SM
  • M. Jean-Christophe Desconnets, directeur de la mission pour la science ouverte à l’IRD
  • Mme Esthere Garnier, chargée de projets au service renforcement des capacités (DMOB-IRD)

Hommage à M. Mamy Rajaonarivelo, directeur du Centre National de la Recherche Océanographique

L’équipe tient à rendre un hommage spécial au co-porteur Sud du PSF et directeur du Centre National de la Recherche Océanographique, M. Mamy Rajaonarivelo qui nous a quitté subitement quelques jours avant l’atelier. Il avait beaucoup œuvré pour faciliter l’organisation de cet atelier de formation à Nosy Be.



Des étudiants Montois à la Station Marine de Belaza

Par Dr Guillaume Caulier, Premier Assistant à l’université de Mons, Belgique

En Avril dernier, douze étudiants de Master I et II en Biologie à l’Université de Mons ont eu l’opportunité de participer au stage de « Biodiversité et écologie des récifs coralliens »  pendant 4 semaines dans le sud-ouest de Madagascar en collaboration avec notre partenaire de longue date qu’est l’Institut d’Halieutique et des Sciences Marines (IHSM) de l’université de Tuléar. Les étudiants montois ont d’ailleurs eu l’occasion d’être associés à des étudiants malgaches en Master en écotourisme pendant une partie de leur stage. C’est également la toute première fois que la station marine de Belaza (UMONS-ULIEGE-IHSM) accueille des étudiants montois, une inauguration qui promet de futurs stages prolifiques pour les prochaines années à venir !

Au programme de ce stage, en résumé :

  • Découverte des écosystèmes riches en biodiversité et hautement endémiques du sud-ouest de Madagascar : milieu intertidal, faune endobenthique, mangrove, forêt xérophyte,…
  • Initiation à l’apnée, la plongée et la prise de photos subaquatiques avec à la clef la découverte des récifs coralliens abritant une biodiversité à couper le souffle !
  • Visite d’aquacultures socio-villageoises (p.ex. ferme de concombres de mer, de crabes et cultures d’algues) mêlant challenge scientifique et ingénierie, préservation de la biodiversité naturelle et développement durable.

Le stage a été hautement apprécié par les étudiants qui ont été réjouis de découvrir un tout nouveau monde biologique, de superbes paysages, mais également une nouvelle culture riche en dépaysement.

Les étudiants ont également été confrontés aux aléas et difficultés des missions de terrain comme, par exemple, le cyclone Jasmine qui a frappé de plein fouet Tuléar le 26 avril ! Bref, un stage riche en rebondissements et des étudiants qui en ressortent grandis et soudés !

Etudiants montois et étudiants malagasy en Master en écotourisme après un TP d’invertébrés marins

Pour la toute première fois que la station marine de Belaza (UMONS-ULIEGE-IHSM) accueille des étudiants montois


Offre de bourse de Doctorat en Sciences Marines et Halieutiques

Thème: Modélisation participative des pêcheries de crabe de mangrove à Madagascar

Dans le cadre du projet européen CORECRABE (“Valorisation de la recherche en appui à l’aménagement des pêcheries de crabe de mangrove à Madagascar” porté par l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD) en partenariat avec l’IH.SM, l’IRD offre une allocation de recherche pour une thèse au Sud (ARTS) dans le cadre du Laboratoire Mixte International MIKAROKA. Le(la) Doctorant(e) sélectionné(e) développera son projet de recherche en halieutique et contribuera à atteindre les objectifs ci-dessous.


La caractérisation et la prise en compte des principales incertitudes en termes de réalisation des objectifs de gestion des pêcheries constitue un enjeu prioritaire pour définir les stratégies de gestion les plus performantes (eg, en identifiant les points de risque d’effondrement des ressources ou des systèmes de collecte de données permettant de mieux détecter les conditions où ces stratégies peuvent échouer). L’analyse des compromis entre différents objectifs de gestion des ressources halieutiques considérées est une autre question stratégique importante nécessitant la participation accrue des parties prenantes dans le processus d’évaluation. Les incertitudes structurelles et environnementales doivent être considérées, notamment au moyen de différents modèles d’exploitation (incertitudes structurelles) et de scénarios (incertitudes environnementales) puis interprétées et discutées avec les parties prenantes selon une démarche participative.

La thèse contribuera au développement d’une telle procédure de gestion dans les petites pêcheries de crabes de mangrove (Scylla serrata) à Madagascar, dans un contexte pauvre en données, fréquent dans les petites pêcheries au Sud. Ces pêcheries tournées vers l’exportation sont exploitées par plusieurs milliers de pêcheurs de manière traditionnelle, à pied ou en pirogues non motorisées, dans les zones de mangrove et se sont largement intensifiées au cours de la dernière décennie en réponse au marché mondial.

Le projet de thèse s’appuiera sur les travaux de recherche-action du projet européen CORECRABE (2019-2023) qui offrent une opportunité et faisabilité en termes de données disponibles (captures, effort de pêche, filière, gouvernance), de modélisation, de participation des parties prenantes (pêcheurs, exportateurs, administrations, ONGs, etc.) et de collaboration interdisciplinaire. Ainsi, le/la doctorant-e finalisera la première version fonctionnelle déjà disponible des modèles ci-dessus. Il/elle paramètrera ces modèles avec les données disponibles et les règles de capture dans quatre pêcheries, estimera les indicateurs (y compris leur incertitude), et validera les modèles avec l’appui d’un groupe de travail scientifique international (déjà identifié). L’interaction avec les parties prenantes aux différentes étapes du processus d’évaluation sera réalisée via les groupes de travail multi-acteurs régionaux déjà mis en place de 2020 à 2022.


L’objectif général de la thèse est de développer et d’évaluer une démarche générique de modélisation d’une pêcherie de crabe de mangrove à l’échelle régionale (~100 km de linéaire de mangrove) qui permette d’intégrer dans la procédure de gestion des critères de décision reposant sur des estimateurs biologiques (eg, mortalité par pêche, taille des crabes capturés) et socioéconomiques (eg, prix, nombre des acteurs économiques). Ces modèles doivent d’une part permettre de mieux comprendre et analyser la structure, le fonctionnement et l’évolution prédite du système halieutique, et d’autre part permettre de construire une représentation collective du fonctionnement d’un tel système socioécologique et de la partager facilement.

Plus précisément, les objectifs seront :

  1. de développer et calibrer un modèle conventionnel de dynamique de population structuré selon la tailles des crabes, prenant en compte les ressources, les pêcheurs et leurs interactions (e.g., captures par unité d’effort) ;
  2. de calibrer un modèle bioéconomique pour prendre en compte la dynamique des prix et des mesures de gestion et leurs impacts sur l’exploitation, les ressources et les profits ;
  3. d’analyser, de comparer, et de discuter les résultats des simulations de chaque modèle à moyen terme en termes d’incertitude et de pertinence pour la prise de décision sur la régulation de l’exploitation. Des objectifs multiples et souvent contradictoires sont couramment rencontrés dans la gestion des pêches, générant généralement des conflits entre les groupes qui accordent la priorité à des objectifs de gestion différents. L’approche d’évaluation de la stratégie de gestion sera utilisée pour mettre en discussion les résultats, les incertitudes et l’utilité des indices de CPUE (Partie 1) et du modèle bioéconomique (Partie 2) pour la gestion et le mode de gouvernance des pêcheries.

Activités de recherche.

La thèse comprendra les activités suivantes :

  1. Travaux de terrain de suivi des pêcheries de crabe de mangrove dans quatre régions de la côte ouest de Madagascar où intervient le projet CORECRABE ( : enquêtes auprès des pêcheurs, échantillonnage participatif des captures
  2. Bancarisation des données halieutiques et biologiques dans la base de données mise en place par le LMI Mikaroka;
  3. Analyse statistique des données et modélisation
  4. Restitution des résultats à des groupes de travail multi-acteurs
  5. Rédaction de publications scientifiques dans des revues internationales et participation à une conférence internationale
  6. Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant-e :
    L’étudiant-e sera accueilli-e à l’IH.SM, au sein du LMI Mikaroka. Il-elle communiquera régulièrement avec ses co-encadrants à distance. Des séjours en France (4 à 6 mois par an) seront effectués.

Compétences et qualités requises :

  • Intérêt attesté pour la petite pêche et les approches à l’interface sciences-société
  • Capacités attestées pour l’analyse de données et la modélisation statistique et mathématique
  • Très bonne connaissance du logiciel R et SIG
  • Maîtrise de l’anglais scientifique (lu, écrit, parlé)
  • Aptitude au travail de terrain pendant des périodes d’une à trois semaines : enquête auprès des pêcheurs, embarquements, relations avec les communautés
  • Grande capacité de travail individuel et en équipe
  • Excellente maîtrise du français écrit et parlé
  • Expérience en communication scientifique écrite et orale
  • Sens de l’organisation, curiosité, rigueur et autonomie
  • Aptitude à la conduite en moto (RN9)
  • Mobilité en France exigée (4 à 6 mois par an de 2023 à 2025)

Profil recherché :

Homme-femme, Diplôme de Master 2 ou DEA en sciences halieutiques, océanographie, économie ou équivalent.

Candidature : Le(la) candidat(e) sera sélectionné(e) sur la base de son dossier de candidature :

  • CV détaillé ;
  • lettre (3 pages minimum détaillant sa motivation, ses aptitudes et ses connaissances scientifiques (dont références bibliographiques) suivant le projet de recherche ci-dessus) ;
  • Copie du diplôme le plus élevé et des relevés de notes de L3, M1 et M2).
  • Le dossier doit être envoyé par e-mail à gildas.todinanahary[at] copie à marc.leopold[at] , lavitra_thierry[at] , jamal.mahafina[at] au plus tard le 29 juillet 2022.

Un entretien oral final sera réalisé début août 2022.

Démarrage prévu : 01/10/2022 (durée : 3 ans)

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