Tag ARMS Restore

CALL FOR APPLICATION: research assistants for the data collection

Baseline and follow-up survey in the Bay of Ranobe – TOLIARA


In the frame of the ARMS Restore project, Rebuilding coral reefs in Madagascar using a new tool to restore biodiversity, build fisheries, and improve human health, we will be evaluating the livelihood and human nutritional impacts of changes in local marine systems. Our team will use a mixed-methods approach to collect a variety of information spanning social, environmental, and clinical health data. We will survey a random sample of households in the village of Ambotsibotsiky, Songeritelo, Beravy, Ambalaboy, Ifaty, Mangily, Amboaboaky, Madiorano, Betsibaroky, Ambolimailaky, Andrevo andFitsitikyintheBayofRanobe,andconnectthesedatawithfisheriescatch data to link fisheries condition to human health and well-being. For this survey our team is hiring research assistants for the data collection in these villages.

Main task

During 3 years, the research assistants will run surveys in the 12 villages in the Bay of Ranobe every 3 months using pre-established questionnaires. He/She will spend roughly one month in the field every three months. This field work consists of meeting with individuals in the sampled households, and asking them the questions prepared in a tablet.

Minimum qualification

  • Bachelor Degree required
  • Public speaking skills
  • Ability to handle computers and tablets (using applications, MS Office)
  • Ability to work in groups
  • Ability to adapt in the field
  • Basic knowledge in the use of KoBo application is an asset
  • Preference for prior survey implementation experience

Send your application letter and CV at aroofalinirina@gmail.com, and hrandriamady@g.harvard.edu before November 24th, 2022. We can also provide you more information by contacting this email address.

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José Randrianandrasana, PhD student, on reef ecology and restoration

Reef ecology is my focus and I am working towards a PhD as part of the ARMS Restore Project to restore the coral reef biodiversity in my country.

Similar to an underwater rainforest, coral reefs support 25% of all marine life in the world and over 500 million people worldwide for food and coastal protection. Healthy coral reefs support commercial and subsistence fisheries as well as jobs and businesses through tourism and recreation. Unfortunately, due to climate change and human activities, coral reefs around the world are threatened and coastal populations are becoming more vulnerable.

The Bay of Ranobe in southwest of Madagascar, where around 5000 fishermen are wholly depending on the marine environment for food, are becoming threatened by malnutrition due to declining fish catches, declining agriculture, and an increasing coastal population.

To address these issues, a new tool is being advanced by the Project Team: Autonomous Reef Monitoring Structures (ARMS) attached on the bottom to collect representatives of reef biodiversity. Deployed on healthy natural coral reefs, ARMS accumulated marine organisms that will be moved to artificial reefs after one year to jumpstart reef growth. Pivoting from the traditional PVC and stainless-steel design, we  redesigned the ARMS using limestone because it is a natural substrate, is locally sourced, and the structures can be made locally through collaboration and employment of members of the community.

The effectiveness of limestone ARMS for collecting local reef biodiversity will be tested and quantified over the three years of the project, a large part of my PhD research. Six artificial reefs will be built inside the Bay of Ranobe and their biological impact will be measured and compared against natural coral reefs nearby. More specifically, the performance and benefits of seeding ARMS from healthy natural coral reefs onto three artificial reefs site will be compared to three artificial reefs without ARMS and three natural coral reef sites (without ARMS or an artificial reef).

Last year, 120 “seeding ARMS” were deployed on the most heathy reef in the Bay, where they will be left undisturbed for 12 months. Meanwhile, my team and I are conducting monthly surveys to study benthic succession on the ARMS plate in situ to describe the colonization and succession of benthic organisms on ARMS relative to the surrounding natural reef.

In January 2023, we plan to begin building the six artificial reefs inside the Bay of Ranobe. Ecological selection criteria have been developed by our team to help local communities identify locations that will yield the most benefit (e.g., fish biomass), based on my fieldwork and data collection to explore potential artificial reef sites in June 2022. Up next are community conversations to discuss the data and decide where to build the six 1-hectare artificial reefs.


OFFRE DE STAGE : Caractérisation des assemblages de poissons à l’aide de suivis vidéo

Caractérisation des assemblages de poissons à l’aide de suivis vidéo dans la baie de Ranobe

Date de début de stage : Octobre 2022

Date limite de dépôt de dossier : 28 Septembre 2022

Responsable de stage : Thomas LAMY, IRD Montpellier, thomas.lamy@ird.fr

Henitsoa JAONALISON, IH.SM, jaonasat@gmail.com

Co-responsables du stage :

José RANDRIANANDRASANA, IH.SM, jossarobidy@gmail.com

Laurent, VIOGLIOLA, IRD (Nouvelle Calédonie) laurent.vigliola@ird.fr

Gildas TODINANAHARY, IH.SM, gildas.todinanahary@ihsm.mg

Description et objectifs scientifiques du projet

Le déclin des récifs coralliens à l’échelle mondiale menace les populations humaines qui dépendent de ces écosystèmes comme source de revenus ou pour se nourrir. Face à cette situation, le projet ARMS Restore propose d’utiliser un nouvel outil dans la baie de Ranobe, des récifs artificiels ensemencés par des structures appelés ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures) afin de restaurateur la biodiversité et ainsi améliorer les rendements des petites pêcheries et la santé humaine des populations locales. Ces ARMS ont été déposés sous l’eau afin d’agréger passivement la biodiversité de récifs seins de la baie de Ranobe. Une fois l’accumulation de cette diversité, les ARMS seront transférés sur des récifs artificiels. L’objectif global est de suivre les assemblages de poissons avant et après installation des récifs artificiels et des ARMS afin d’évaluer leurs effets sur la biodiversité. Dans ce contexte, les objectifs de ce stage seront d’implémenter un suivi des poissons à l’aide de caméras vidéo GoPro en complément d’autres types de suivis (visuels et ADN environnemental) afin d’obtenir un état de référence avant la mise en place des récifs artificiels. Un total de 6 futur récifs artificiels, des zones contrôle et des habitats adjacents seront suivis (N > 30 sites). Les données vidéos seront étudiées au laboratoire (identification des espèces, annotation des vidéos, gestion des données) puis analysées afin d’évaluer les facteurs contrôlants la structuration spatiale des assemblages de poissons. Suivant la qualité du travail effectué, le stage pourra être prolongé afin de répéter le suivi après la mise en place des récifs artificiels et des ARMS afin d’en étudier l’effet sur la biodiversité des poissons.

Le stage comprendra les activités suivantes :

  • Préparation du système de suivi vidéo sous-marin à l’aide de caméra GoPro en surface et sous l’eau ;
  • Gestion, annotation et analyse des vidéos en laboratoire ;
  • Identification des espèces de poissons ;
  • Gestion des données et analyses statistiques

Compétences et qualités requises :

  • Intérêt pour l’écologie marine,
  • Très bonne aptitude à plonger : de niveau « PADI Open Water » au moins
  • Très bon sens de l’organisation afin de gérer les suivis vidéos en parallèle des suivis visuels
  • Très bonne connaissance des espèces de poissons dans le Sud-Ouest de Madagascar
  • Sens de l’organisation, curiosité, rigueur et autonomie,
  • Connaissance de l’anglais scientifique (lu et écrit),
  • Une expérience dans l’organisation et l’analyse de données et l’utilisation du logiciel R serait un réel plus.

La sélection de l’étudiant-e se fera après : 1) examen d’un CV et d’une lettre de motivation qui devront être envoyés à Thomas Lamy, copie à Gildas Todinanahary, avant le 28 Septembre 2022 et 2) un entretient oral

Télécharger la version PDF ici


Data Bootcamp with R

From October 4th to October 8th, we will organize a data science course, intro-to end course, with emphasis on data cleaning, manipulation and analysis (with simple statistics). Trainers: Jessica Zamborain Mason and Daniel Viana (Postdoctoral Fellows, Harvard University).


Avis de recrutement: technicien(e) de laboratoire


Pour appuyer son équipe, l’Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM) de l’Université de Toliara cherche un(e)


Poste basé à Toliara

Contrat (CDD) de 2ans avec une période d’essai

Description du poste

Sous l’autorité du Directeur de l’Institut et sous la supervision directe du Coordinateur du projet ARMS Restore, le (ou la) Technicien(ne) est appelé(e) à travailler de près avec l’équipe du projet ARMS Restore, au sein du Laboratoire CoRRECT (Coral Reef Research and Conservation Team). Il (ou elle) collabore directement avec les Enseignants, les Chercheurs de l’IH.SM et partenaires du projet, les Doctorants et les mémorants effectuant des activités de recherche au sein du laboratoire.


Le Technicien de laboratoire aura comme principales responsabilités de :

  • Assurer le contrôle des infrastructures et des équipements de Laboratoire ;
  • Assurer le suivi des utilisations des équipements et le respect des règles d’utilisation de sécurité liées aux équipements et consommables :
  • Garantir le bon fonctionnement, la maintenance et l’entretien réguliers des appareils de mesures et les équipements alloués au Laboratoire ;
  • Gérer le stock de laboratoire en consommables, réactifs et intrants chimiques ;
  • Assister les chercheurs et stagiaires dans leurs travaux d’observation et d’expérimentation ;
  • Assurer la préparation des travaux pratiques (TP) à réaliser dans le Laboratoire ;
  • Fournir un rapport régulier sur l’ensemble des activités réalisées au sein du Laboratoire

Profil recherché


  • Agé(e) de plus de 21 ans ;
  • Avoir un diplôme de Licence minimum Sciences Marines, Sciences Naturelles (ou équivalent);
  • Apte à travailler dans un Laboratoire et en mer ;
  • Ayant une expérience réussite dans un poste similaire serait un atout ;
  • Maîtrise parfaitement les outils informatiques ;
  • Parle et écrit le Français et l’Anglais (atout).

Qualités personnelles

  • Rigueur et minutie
  • Sens de l’organisation
  • Dynamique et proactif
  • Bon relationnel
  • Honnête, fiable et souriant(e)
  • Aptitude à travailler sous pression
  • Grande disponibilité et flexibilité dans les horaires de travail.

Poste basé à Toliara ǀ Date limite de dépôt de dossier : 26 Mai 2022 ǀ Démarrage : Juin 2022


Le dossier de candidature, composé de CV actualisé (avec photo récente et contact rapide), d’une lettre de motivation et d’une copie du diplôme le plus élevé doit être envoyé, par e-mail à prd.ihsm[at]gmail.com, copie à gildas.todinanahary[at]gmail.com avant le 26 Mai 2022 à minuit. Seuls les candidats sélectionnés seront contactés.


Présentation du projet ARMS Restore

Des ARMS aux récifs : reconstruire les récifs coralliens à Madagascar grâce à un nouvel outil pour restaurer la biodiversité, développer la pêche et améliorer la santé humaine

Dans le cadre du projet ARMS Restore dont l’objectif est reconstruire les récifs coralliens à Madagascar grâce à un nouvel outil pour restaurer la biodiversité, développer la pêche et améliorer la santé humaine, l’IH.SM, organise une formation de 10 jours aux étudiants de Master 1 sur le thème « ARMS to reefs: A new tool to restore coral reef biodiversity, fisheries yields, and human health in Madagascar ».

La fermeture officielle de la formation et la présentation du projet ARMS restore et de l’équipe, aura lieu le Vendredi 18 Février 2022 à 08h à l’IH.SM (Rue Dr Rabesandratana HD, Toliara – 601, Madagascar)


08:00 – 08:30 Accueil des participants et invités
08:30 – 08:45 Discours d’ouverture (Directeur de l’IH.SM)
08:45 – 09:15 Présentation du projet ARMS Restore
09:15 – 09:30 Présentation des équipes du projet ARMS Restore
09:30 – 10:00 Séance de questions-réponses et discussion
10:00 – 10:30 Distribution des certificats
10:30 – 10:45 Remarques de clôture
10:45 – 11:45 Cocktail de clôture et réseautage


The ARMS Restore course is finally launched

Graduate and undergraduate course on “ARMS to reefs: A new tool to restore coral reef biodiversity, fisheries yields, and human health in Madagascar”

Delayed by one day due to the passage of the Cyclone Batsirai, the Graduate and Undergraduate course on « ARMS to reefs: A new tool to restore coral reef biodiversity, fisheries yields, and human health in Madagascar » was finally launched on Tuesday 8th of February.

The first day was devoted to Ecology, with the participation of Gildas Todinanahary (IH.SM University of Toliara) and Aaron Hartmann, from Harvard University Department of Organismic and Evolutionary Biology, who gave an interesting lesson on the sexual reproduction of corals. The debate which followed the lecture showed all the interest of the students in the training and the importance of the topic.

The first day was also marked by the beginning of R Bootcamp.  The students learned how to Input and Wrangle Data in R, with Jessica Zamborain Mason from Harvard T.H. Chan School of Public Health.

Today Wednesday, students were able to learn and discuss about Barcoding and eDNA methods, with Jean-Dominique Durand from IRD, followed by a lecture on how to collect fisheries data: fisheries monitoring, GPS tracking, catch survey design, with Marc Léopold, also from IRD.

Due to travel restrictions (COVID 19), these first lectures are all given remotely by videoconference.

Thanks to the local staff including Eddy Falimanana, Léa Ravaoarisoa, and especially the PhD students José Randrianandrasana, Aroniaina Falinirina, Sandra Ranaivomanana and Anissa Volanandiana as well as the MSc interns for their commitment to make this course happen.

Read more about the course here.

Learn more about the ARMS Restore project here.



Course on “ARMS to reefs: A new tool to restore coral reef biodiversity, fisheries yields, and human health in Madagascar”

The target enrolment for the course is 25 students of Master 1 level. These students follow the IH.SM’s Marine and Fisheries Science training program and will have a solid background in biological sciences, oceanology and fisheries. The IH.SM training department agreed to include an extra 2 weeks for these students to get trained through the project/this course, and recognised the utility and complementarity of the course with the official academic program. The course is planned for the three successive years of the project, with an explicit project goal of ensuring that the course becomes institutionalised at IH.SM and thus can be repeated for as many years as deemed valuable (i.e., well past the end of the project).

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Recrutement: Responsable des Technologies de l’Information et de la Communication (H/F Malagasy)

Pour appuyer son équipe, l’Institut Halieutique et des Sciences Marines (IH.SM) de l’Université de Toliara cherche un(e)
« Responsable des Technologies de l’Information et de la Communication (H/F Malagasy) »

Poste basé à Toliara
Contrat (CDD) de 1an avec possibilité de renouvellement
Rémunération compétitive

Description du poste

Sous l’autorité du Directeur de l’Institut et sous la supervision directe du Coordinateur du projet ARMS Restore, le Responsable TIC assure le bon fonctionnement du réseau et des outils informatiques de l’Institut. Il veille à la gestion des infrastructures (serveurs, réseau, sécurité), de services et de l’environnement bureautique mis à la disposition du personnel et des étudiants. Il sera amené à mettre à jour (ou à reconcevoir) le portail web de l’Institut et à développer les applications de gestion administrative et technique, de gestion des programmes de cours et à assurer, en appui au gestionnaire de base de données « Recherche », la bancarisation et sécurisation du portail web et du serveur local.


Le Responsable TIC aura comme principales responsabilités :

  • Identifier et élaborer les stratégies TIC en lien avec la vision de l’Institut en matière formation et recherche Universitaires ;
  • Développer les applications de gestion administrative et technique, de gestion des bases de données recherche et formation ;
  • Administrer le site internet et les portails Web de l’Institut ;
  • Veiller à la sécurité du système et des données ;
  • Former les utilisateurs à une meilleure appropriation et utilisation des outils soft et hard et à plus d’efficacité ;
  • Exécuter d’autres tâches à la demande de la hiérarchie selon la nécessité de service.

Profil recherché


  • Être titulaire d’un diplôme Universitaire (de Bac+2 à Bac+5) ou équivalent en génie informatique, administration de réseaux, ou dans tout autre domaine connexe ;
  • Avoir une expérience justifiée dans la gestion des réseaux, la maintenance informatique, la gestion de bases de données et l’animation de portails Web dans une organisation similaire.
  • Une expérience dans la gestion des systèmes d’information au sein de programme de développement ou d’un Organisme régional ou international est un atout majeur.


  • Avoir une connaissance de base et une pratique acceptable des langages de programmation les plus populaires (JavaScript, Java, PHP, C, C++, Python, SQL, etc.) ;
  • Justifier d’une bonne maitrise et d’une pratique courante des langages utilisés pour la mise en place des réseaux et avoir une bonne connaissance des réseaux LAN, WAN, MAN ;
  • Maîtriser toutes les règles de sécurité Informatique et Télécommunication ;
  • Disposer d’une très bonne connaissance des protocoles TCP/IP et services communicants associés et les systèmes communicants tels que la messagerie, les passerelles Internet, les serveurs web ;
  • Justifier d’une expérience significative des dispositifs nomades (GSM/UMTS, GPRS/3G, Wifi, etc.) ;
  • Avoir une excellente connaissance et une bonne pratique des systèmes d’exploitation ;
  • Faire preuve d’une bonne maitrise des outils bureautiques (Word, Excel, PowerPoint, Outlook, etc.) ;
  • Posséder d’excellentes compétences interpersonnelles et communicationnelles et être capable de garder une attitude professionnelle et être orientée vers la recherche de l’excellence dans le service ;
  • Être doté d’un sens élevé des priorités et de la confidentialité ;
  • Faire preuve d’une grande probité morale dans la gestion des données et du droit de propriété ;
  • Être capable de travailler dans un environnement de travail international et multiculturel ;
  • Être capable de tolérer le stress et la pression générés par des situations exceptionnelles d’imprévus professionnels.

Poste basé à Toliara ǀ Date limite de dépôt de dossier : 31 Août 2021 ǀ Démarrage : Septembre 2021


Le dossier de candidature, composé de CV actualisé, d’une lettre de motivation et d’une copie du diplôme le plus élevé doit être envoyé, par e-mail à vaohari[at]gmail.com copie à gildas.todinanahary[at]gmail.com avant le 31 Août 2021 à minuit. Seuls les candidats sélectionnés seront contactés.

Télécharger l’avis en format PDF ici


L’IH.SM sera présent au symposium international pour le récif corallien

English below

ICRS 2021

Tous les deux ou trois ans, la société internationale pour les récifs coralliens (ICRS) organise un symposium scientifique qui porte aussi son nom. Le symposium international sur le récif corallien est la plus importante manifestation scientifique regroupant des milliers de chercheurs et d’acteurs travaillant sur les récifs coralliens et leur gestion, à travers le monde. Cette année, le symposium est organisé par l’Université de Bremen, Allemagne et sera totalement virtuel en raison de la situation pandémique.

2 présentations, par l’équipe CORRECT

A travers deux présentations, l’IH.SM, Madagascar sera présente à ce symposium. Ces présentations portent sur les travaux de l’équipe de recherche, d’enseignement et de conservation des récifs coralliens (CORRECT).

La première, une présentation sous forme de Poster aura lieu le 20 juillet 2021 à partir de 19:30, heure de Madagascar (soit 16:30 temps universel). Intitulé «Water volume, dissolved oxygen concentration and light irradiance influence the resistance of Seriatopora hystrix to transportation in small volume», cette présentation porte sur l’amélioration du transport des coraux vivants (les boutures) qui est l’une des contraintes les plus importantes dans le commerce de ces animaux. Actuellement, ils doivent être transportés par voie aérienne, et de préférence en moins de 20 heures en utilisant de l’oxygène concentré, sinon, la mortalité des coraux après le transport augmente considérablement. Cette recherche a démontré que l’ajout d’éclairage LED dans la boîte de transport permet de maintenir les conditions de transport viables pour les coraux vivants jusqu’à 72h avec l’utilisation de l’air normal.

Poster presentation

La deuxième présentation, sous forme orale, intitulée « Community-based innovative and productive artificial habitats for coral reef and coastal community resilience in developing island states », porte sur l’utilisation et la promotion d’habitats artificiels innovants, productifs et accessibles aux villageois pour la résilience des récifs coralliens et des communautés côtières dans les États insulaires en développement. Elle aura lieu le 23 Juillet 2021, de 12:30 à 12:45, heure de Madagascar, soit 09:30 à 09:45 temps universel.

Dans les pays insulaires en développement comme Madagascar, des activités alternatives telles que l’aquaculture villageoise et l’écotourisme sont développées, ainsi que des programmes visant à soutenir la gestion de la pêche à petite échelle. Plusieurs acteurs, dont des ONGs et les companies privés soutiennent les associations communautaires pour la gestion des écosystèmes et des ressources marines et côtières. Ils utilisent souvent un système de gestion similaire mais différent. Leurs objectifs et leur approche dépendent généralement des directives et des exigences relatives au financement. Bien que la collaboration soit communément admise et observée, les projets sont pour la plupart initiés séparément. La synergie est difficile à observer et conduit généralement à un résultat assez décevant quand on se rend compte des moyens mis à disposition et du travail accompli par chaque acteur.

A travers les résultats de notre analyse, nous proposons un partenariat légalisé, avec une relation contractuelle impliquant une coopération étroite entre deux ou plusieurs institutions parties prenantes ayant à la fois des missions communes et des responsabilités définies. Cela conduira à une coopération synergique, permettra des activités imbriquées et assurera une utilisation efficace des ressources humaines et financières de chaque partie. Les récifs coralliens et les communautés côtières n’en sortiront que gagnants et leur résilience renforcée.

Oral presentation

A bientôt, au symposium

ICRS 2021

Every two or three years, the International Society for Coral Reefs (ICRS) organizes a scientific symposium which also bears its name. The International Coral Reef Symposium is the most important scientific event bringing together thousands of researchers and actors working on coral reefs and their management, across the world. This year the symposium is organized at the University of Bremen, Germany and will be completely virtual due the pandemic situation.

Two presentations by the Coral Reef Research Education and Conservation Team

Through two presentations, IH.SM and Madagascar will be present at this symposium. These presentations focus on the work of the Coral Reef Research, Education and Conservation team (CORRECT).

The first, a Poster presentation, will take place on July 20, 2021 from 7:30 p.m. Madagasacar time (i.e. 4:30 p.m. universal time). The presentation untitled “Water volume, dissolved oxygen concentration and light irradiance influence the resistance of Seriatopora hystrix to transportation in small volume” is about improving the transport of live coral fragments, which is one of the most important constraints in their trade. Currently, they have to be transported by airplane, and preferably in less than 20 hours using concentrated oxygen, otherwise coral mortality after transport increases drastically. This research has shown that adding LED lighting to the transport box helps maintain viable transport conditions for live corals for up to 72 hours with the use of normal air.

The second presentation, in oral form, focuses on the « Community-based innovative and productive artificial habitats for coral reef and coastal community resilience in developing island states ». It will take place on July 23, 2021, from 12:30 p.m. to 12:45 p.m. Madagascar time, or 9:30 a.m. to 9:45 a.m. universal time.

In developing island states like Madagascar, alternative activities such as community-based aquaculture and ecotourism are being developed, as well as programs to support small-scale fisheries management. Several actors, including NGOs, private companies support community associations for the management of ecosystems and marine and coastal resources. They often use a similar but different management system and their objectives and approach generally depend on funding requirements. Although collaboration is commonly admitted and observed, projects are mostly initiated separately. Synergy is difficult to observe and generally leads to a rather disappointing result when one realizes the means made available and the work accomplished by each actor.

Through the results of our analysis, we suggest a legal partnership, with contractual relationship involving close cooperation between two or more stakeholder institutions having specified and joint missions and responsibilities at the same time. That will lead to a synergistic cooperation, allow interlocking activities and ensure efficient use of human and financial resources of each party. The coral reefs and coastal communities will only come out winners and their resilience boosted.